りんごパッケージとサブパッケージの関係は「赤の他人」

eclipse上で、パッケージ「pkg」があるときに、サブパッケージ「pkg.sub」を作成します。
すると（Windowsの）エクスプローラではフォルダpkgの中にフォルダsubが作成されています。
…が！Javaプログラム上はsubがpkgのサブパッケージであるというような親子関係は認識しません。

つまり…

• ファイル構造はpkg/subになる
• プログラム記述上はpkg.subとなる

一方で

• 「pkg」と「pkg.sub」の間には、superで親を指すとか、

変数のスコープが子にもおよぶといったプログラム上の「親子関係」はまったく存在しない。
「pkg」と「pkg.sub」の関係は、「pkg」と（無関係な別パッケージ）「pkg2」の関係と同じ。

eclipseのパッケージエクスプローラで、サブパッケージがいわゆるサブフォルダのように表示されないのはそんな理由でした。